Unii teologi aveau tendința să respingă tot ce nu înțeleg. De exemplu, Martin Luther a respins Epistola lui Iacov, considerând-o „o epistolă de paie”. Dacă însă Epistola lui Iacov este „de paie”, atunci și apostolul ales, slujitorul și martorul lui Isus Hristos, trebuie să fi fost tot un „om de paie”, deoarece teologia ne arată caracterul unui om. Martin Luther se lupta cu cei care afirmau că salvarea se dobândește prin credință plus fapte. Fiind prea avântat în războiul împotriva oamenilor, el a judecat greșit cartea Iacov, pentru că nu a înțeles legătura dintre credință și fapte. Viziunea distorsionată a lui Luther se datorează faptului că l-a citit pe Iacov prin ochii lui Pavel, ale cărui Epistole le-a considerat foarte importante.

          Martin Luther a făcut comentarii lipsite de respect și la adresa altor cărți ale Bibliei (Apocalipsa, Iuda, Evrei). Despre Apocalipsa a afirmat că nu își poate da seama dacă este inspirată de Duhul Sfânt și a pus la îndoială faptul că a fost scrisă de un apostol. Luther a fost deranjat de fragmentul din Apocalipsa 22:18-19, loc în care ni se interzice să alterăm textul cărții, sub amenințarea judecății lui Dumnezeu. Reformatorul a crezut că autorul Apocalipsei își laudă cartea mai mult decât este cazul (el considera că alte cărți nou-testamentale sunt mai utile) și că merge prea departe cu afirmațiile pe care le face.

          Martin Luther considera că unele cărți ale Noului Testament (Evanghelia după Ioan, Romani) sunt mult mai importante decât alte lucrări nou-testamentale. Cu toate acestea, Luther nu a scos aceste cărți din canon. El le-a tradus și le-a inclus în traducerea în limba germană a Bibliei (la final, tratându-le așa cum tratează bisericile tradiționale cărțile apocrife) și chiar a citat din aceste lucrări.

          Mulți cercetători l-au acuzat pe Luther că a încercat să formeze „un canon în canon”. Într-adevăr, biserica tradițională a lărgit Scriptura (au fost incluse și scrierile apocrife), așezând tradițiile omenești deasupra Cuvântului lui Dumnezeu. Dar Luther a încercat să reducă canonul biblic, pentru a-și justifica preconcepțiile lui legat de anumite pasaje cu care nu era de acord.

          Martin Luther a crezut în principiul Sola Scriptura, însă numai din punct de vedere cristologic, nu și canonic. Chiar și lupta lui Luther cu papa (anticrist) a avut loc după aceleași principii. Papa stătea deasupra tradiției ca un „dumnezeu” fals, dar Isus Hristos stă deasupra Scripturii ca Dumnezeu adevărat. Lupta nu era între tradiție și Scriptură, ci între papă și Isus Hristos. Astfel, Martin Luther a citit întreg Noul Testament în lumina mesajului apostolului Pavel, sau mai degrabă în lumina propriei sale înțelegeri a Epistolelor lui Pavel.